机械BOSS是困难模式可以召唤的三个BOSS，分别是毁灭者、机械王、双魔眼。这三个BOSS是召唤世纪之花的前置，打败之后才可以召唤。召唤三个BOSS需要三个对应的物品，机械魔眼需要晶状体、铁锭、光明之魂，机械骷髅头需要骨头、铁锭、光明之魂、暗影之魂，机械蠕虫需要腐肉、铁锭、暗影之魂。没有召唤物机械BOSS也可以出现，击败恶魔祭坛之后会有百分之十的概率在黄昏时段生成，生成的概率较小，不如召唤物稳定。
毁灭者在攻击之前属于盘起来的状态，受到玩家的攻击才会展开身形，并且会立刻朝着玩家的方向进行移动。毁灭者会从地下钻出进行攻击。毁灭者会从身体之中发射死亡激光，会针对一条直线进行攻击。在空中的时候会释放探测怪物，该怪物会在空中进行攻击，基础伤害值为五十点。击败毁灭者有比较简单的方法，拿一把八十攻击力以上的弓箭，建造基岩地块来阻挡BOSS的钻地攻击，接着只用在视野之外进行攻击即可。
机械骷髅王是普通骷髅王的升级版本，攻击四肢不会减少BOSS的血量，击中头部才可以完全击杀。机械骷髅王的手臂有四种形态，两种远程攻击和两种近战攻击。机械锯和机械钳会有组合攻击，被抓住的玩家会被秒杀，除非带了复活之光，否则只能重来。机械炮和机械激光会更好躲避，通过跳跃和飞行就可以避开。
