隐藏关卡是元气骑士中特殊关卡，他并不会像主线关卡一样，可以直接通关。隐藏关卡要想进入，先要满足条件或者机关后，才能从隐藏的入口进入到关卡中。隐藏关卡中遇到的怪物会更难，但对应的奖励也会更加丰富。而且隐藏关卡的场景也会和主线关卡有很大不同。元气骑士中一共有的三大隐藏关卡，分别是沼泽关、墓穴关和溶洞关。每个影藏关卡在主线关卡中的位置不同，要进入所有隐藏关卡，最好主线关卡中通关。
首先来到森林关后，在关卡的房间中会看到一个奉献池，奉献池需要献祭所拥有的武器，武器的品质越好，所能得到的献祭值也就会更多。比如白色武器有一点，绿色武器有两点。最高的红色武器有五点贡献值，在献祭值满了后，关卡最终boss会变成哥布林祭祀。在成功击败哥布林祭祀后，就会开启一个紫色传送门。正常形态传送门都是蓝色的，进入紫色传送门就会进入到隐藏的沼泽关卡中。
还有洞穴关卡，洞穴关卡需要再主线密室关卡中消灭boss，然后在旁边出现蓝色传送门后不要急着传送，先在房间中寻找就能看到墙壁上出现一条小路，进入后就要开始解密。谜题比较简单，需要再限定时间内找到正确答案，然后就会进入到墓穴关卡中。在墓穴的宝箱房间中，选择一拳这时爆发伤害最高的红色武器，然后顺着墓穴房间前进，消灭敌人就能获得很多铁锭，赤金等材料，这些都可以用来打造甲级。
最后就是溶洞隐藏关卡了，在雪山的主线中打完boss后，会出现一个笼子。将笼子中的人就出来，然后进行交谈。之后会让出来一条路，走完这段路后就会来到溶洞关卡中。
