在三周目之前玩家要打完一周目，坐破浪号船到水静市遇见亚希达，与其对话之后直接去对战开拓区，这里又会遇见亚希达，和其对话后获取通行证，同时还可以升级训练师证。亚希达其实就是对战开拓区的创建者。
在这里还会遇到一些宝可梦，玩家可以将其驯服。每挑战完一次任意的对战设施，都会得到对战点数，它在对战点数兑换服务区兑换道具。本区最强者叫做开拓之脑，玩家对战实力到一定程度最强者就会出现。四次挑战成功可以得到银徽章，七次成功就得金色微章，但是金字塔不按照这样的奖励，因为它有封顶限制。游戏主要故事剧情结束后，玩家需要获得一辆自行车。在城镇中找到自行车商店，并购买自行车才能促进游戏进程。拿到了自行车之后，玩家可以加速探索地图执行任务。
玩家可以根据精灵球要求捕捉野生妖怪，来奖励一个称号来得到进入精灵塔的机会。在去精灵塔的路上，玩家与一名神秘人交谈，并获取钥匙。随后玩家可以使用神秘钥匙打开精灵塔中的某个房间，找到一些神器和相应的奖励。还会触发很多隐藏的战斗，这些隐藏的战斗有些很难打，有些则需要对游戏剧情有更深刻的理解，才能进入并开始挑战。挑战成功后，玩家将获得珍贵的道具和妖怪培养奖励。
在游戏主要剧情结束后，玩家可以挑战叶绿，打败叶绿成为联盟冠军，并完成游戏最终的挑战。有很多隐藏的＂彩蛋＂和有趣的聚会活动，游戏中还会有很多值得探索、发现和掌握的东西。
