在口袋妖怪这个游戏中，我们能够收集许多宠物，还能看到许多好看的剧情，一般来说，剧情是推动后续的保障，然后连续递进找到最后的礼品。
游戏刚开始的时候，你就在家里面，现在这个时间段是没有剧情的，所以你不需要做什么事情，就静静等着，直到你妈妈过来跟你说莉莉丝博士找你有事情，你思考了一下跟妈妈道谢，然后转身出去，出去之后骑上外面的自行车前往莉莉丝博士的研究室。莉莉丝是整个游戏里最有权威的博士，他博学多识，上知天文下知地理，没有什么事情是他不懂的，极其了解那些宠物的特性，而你身为莉莉丝博士的徒弟，对于莉莉丝的话是非常听从的。来到莉莉丝所在的研究室，你发现莉莉丝博士正在研究东西，穿着白大褂，戴着白色镜框厚眼镜，看到你来了，他笑了一下，接着手里拿着的瓶子爆炸。你半边脸也黑了，抹了一把脸上的汗，询问莉莉丝博士有什么事情。莉莉丝博士笑了一下，然后洗了把脸，把抽屉里的广告拿了过来，你接下来看了一眼，广告上面写着近期联盟比赛正式招募，最后有丰厚奖品——菲洛通行证。你惊讶的追问菲洛通行证有什么用，莉莉丝博士却神秘一笑，对你说不该问的别问，你只需要赢得比赛获得通行证就行。你虽不解但是还是点点头，前往比赛的场地，你首先要去渔船码头去坐船，坐船靠岸之后就能到达丛林世界大陆，来到香磷市，在香磷市的市中心，有一个穿着整齐的保安，你需要跟保安对话获取比赛地点，得知地点在扶桑镇，在去扶桑镇的路上，偶遇几个小怪，你开始进行战斗，获得它们变化成的水滴，水滴后期是很有用的。呦呦博士前往了另一个研究室，而敌人薇薇虑也紧跟在呦呦博士身后，你这时需要到110道路上继续前进，在110道路上会有许多悬浮的道具，超强药水、水球、冷静符……
一路来到滴滴镇，而就在到达滴滴镇的当天，你就遇到了莉莉丝博士和另外两个敌人，还有另一个家族的敌人，敌人的敌人就是朋友，而莉莉丝博士在他们的手里，这时你要想办法解救莉莉丝博士，这时候你要跟着剧情走才能解救莉莉丝博士。
